Au Moyen Âge, tous les habitants du haut-plateau des Franches-Montagnes étaient rattachés à la «paroisse-mère» de Montfaucon. Une bulle d'Innocent II de 1139 confirmant les possessions du chapitre de Saint-Ursanne mentionne les paroisses de Montfaucon, Epauvillers, Chercenay (Soubey) et Planei (Saint-Brais). Goumois est citée en 1177. L'aspiration des autres communautés francs-montagnardes à l'autonomie entraîna la fondation de nouvelles paroisses au Noirmont (1596), aux Bois (1619), à Saignelégier (1629), aux Breuleux (1661) et aux Pommerats (1783).
De 1793 à 1815, Montfaucon a fait partie de la France, au sein du département du Mont-Terrible, puis, à partir de 1800, du département du Haut-Rhin, auquel le département du Mont-Terrible fut rattaché. Par décision du Congrès de Vienne (1815), le territoire de la principauté épiscopale de Bâle est attribué au canton de Berne, en 1815. Depuis le , Montfaucon fait partie du canton du Jura. La commune de Montfavergier est rattaché à la commune de Montfaucon depuis le .
Patrimoine bâti
L'église Saint-Jean-Baptiste a été construite par l'architecte Frésard en 1831 et consacrée en 1864 seulement. L'ensemble a été restauré en 1998. Le bâtiment est un grand édifice néo-classique à une nef avec un clocher-porche carré à dôme comtois. A l'intérieur, décors en stuc, maître-autel d'origine en forme de sarcophage, buffet d'orgue par les frères Wetzel, Strasbourg[3],[4],[5].
Guide artistique de la Suisse, vol.4a, Société d'histoire de l'art en Suisse, , 642p. (ISBN978-3-906131-98-6), p.36
Guide artistique de la Suisse: Jura, Jura bernois, Neuchâtel, Vaud, Genève, vol.4a, Berne, Société d'histoire de l'art en Suisse, , 642p. (ISBN978-3-906131-98-6), p.36.
Guide culturel de la Suisse, Zürich, Ex Libris, , 445p., p.242
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